การตรวจสอบภายใน เริ่มมีมาตั้งแต่ปี พ.ศ.2505 โดยระเบียบการเบิกจ่ายเงินจากคลัง พ.ศ.2505 ที่กำหนดให้หัวหน้าส่วนราชการและผู้ว่าราชการจังหวัดแต่งตั้งข้าราชการอย่างน้อย 1 คน ให้ทำหน้าที่ผู้ตรวจสอบภายใน จนถึง พ.ศ. 2519 การตรวจสอบภายในของส่วนราชการเริ่มปรากฏภาพที่ชัดเจนขึ้นจากมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 17 สิงหาคม 2519 ซึ่งกำหนดให้ส่วนราชการที่เป็นกระทรวง ทบวง กรม และส่วนราชการที่เทียบเท่ารวมถึงจังหวัดทุกจังหวัดมีอัตรากำลัง เพื่อทำหน้าที่ผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการหรือของจังหวัด โดยให้ปฏิบัติงานและมีสายการบังคับบัญชาขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการหรือผู้ว่าราชการจังหวัดแล้วแต่กรณี

ดังนั้น หน่วยตรวจสอบภายในมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช จึงถือกำเนิดมาจากมติ ดังกล่าว โดยมีการบรรจุอัตรากำลังครั้งแรก  เมื่อวันที่ 1 เมษายน 2523 ต่อมาได้จัดตั้งเป็นสำนักงานตรวจสอบภายใน เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2558 ตามประกาศมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช เรื่อง การจัดตั้งสำนักงานตรวจสอบภายใน ปัจจุบันได้มีการเปลี่ยนชื่อสำนักงานตรวจสอบภายใน เป็น “สถานตรวจสอบภายใน” ตามประกาศมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช เรื่อง การจัดตั้งสถานตรวจสอบภายใน เมื่อวันที่ 24 กันยายน 2563 โดยแบ่งส่วนงานดังต่อไปนี้

ปัจจุบันได้จัดตั้งเป็นสำนักงานตรวจสอบภายใน ตามประกาศมหาวิทยาลัยสุโขทัยธรรมาธิราช ทั้งนี้ ตั้งแต่วันที่ 1 พฤษภาคม 2558 โดยมีการแบ่งส่วนงานดังต่อไปนี้

• งานตรวจสอบด้านวิชาการและด้านบริหารจัดการทั่วไป
• งานตรวจสอบด้านงานสนันสนุนวิชาการ
• งานตรวจสอบสารสนเทศ
• งานอำนวยการและธุรการ